Sciencemag.cz
Doporučujeme
Ústav molekulární genetiky AV ČR provozuje Národní infrastrukturu chemické biologie (CZ-OPENSCREEN). Jde o naši nejmodernější velkou výzkumnou infrastrukturu v oblastech chemické biologie a genetiky otevřenou externím uživatelům.
CZ-OPENSCREEN reprezentuje Českou republiku v konsorciu evropské výzkumné infrastruktury EU-OPENSCREEN ERIC, jehož první ustavující zasedání proběhlo 12. dubna v Berlíně.
Jednání potvrdilo výjimečnou roli CZ-OPENSCREEN v evropském konsorciu. Ústav molekulární genetiky byl během zasedání na základě předcházejícího náročného evaluačního procesu vybrán jako hostitelská instituce Evropské chemicko-biologické databáze (ECBD). O hardwarové zázemí a bezpečné prostředí ECBD se bude starat CESNET – národní e-infrastruktura, která poskytuje široké spektrum služeb pro přenos, ukládání či zpracování dat a spravuje i velká datová úložiště pro ukládání a sdílení dat. Zapojení CESNETu do projektu ECBD je příkladem spolupráce velkých infrastruktur na národní úrovni.
V databázi ECBD budou uloženy všechny výstupy z partnerských center konsorcia EU-OPENSCREEN, jako jsou data z testování s vysokou propustností (HTS) či struktury chemických sloučenin. Všechna tato data budou zpřístupněna na bázi otevřeného přístupu široké vědecké veřejnosti. Než dojde k jejich zpřístupnění, budou procházet nezbytným procesem ověřování a kontrolou kvality, teprve poté budou vypuštěna do světa. O jejich validaci se postarají nejprve partnerské instituce, ve kterých budou tato data vznikat, a následně pražský ECBD tým.
Přátelské uživatelské prostředí by mělo umožnit jednoduché i pokročilejší (s možností přesného nastavení parametrů) vyhledávání a identifikaci uživatelsky definovaných datových množin. Součástí databáze budou také nástroje pro analýzu nashromážděných dat, aby je jak začátečníci, tak pokročilí uživatelé byli schopni plně využít.
Kromě běžné uživatelské podpory ECBD týmu bude ECBD web nabízet i interaktivního průvodce s přehledem hlavních funkcí a popisem zobrazovaných dat. Nastřádaná ověřená data budou dále z ECBD předávána do databáze ChEMBL za účelem zvýšení jejich dostupnosti. Je hlavně na vědecké veřejnosti, jak data ECBD využije pro další výzkum.
