Sciencemag.cz
Doporučujeme
Duplikace celého genomu je zásadní genetická událost, která zanechává hluboké stopy v evoluci rostlin. Nový výzkum u druhu Arabidopsis arenosa odhaluje, že zdvojení genomu nejen zvyšuje genetickou variabilitu, ale také umožňuje skryté hromadění mutací, které mohou ovlivnit adaptaci druhů v čase. Mezi hlavní autory právě publikované studie patří Jakub Vlček a Filip Kolář z katedry botaniky Přírodovědecké fakulty Univerzity Karlovy.
Duplikace celého genomu, tedy vzácná mutace, která zdvojnásobuje celý genom, je rozšířená u rostlin, zejména u hlavních plodin, jako jsou pšenice, brambory a cukr. Předpokládá se, že díky těmto „dvojitým genomům“ mohou rostliny dorůstat větších rozměrů nebo se lépe přizpůsobovat výzvám prostředí. Duplikace genomu se někdy vyskytuje i u zvířat, můžeme ji najít zejména u některých metastatických rakovinných buněk, kde je spojována s šířením rakoviny. Navzdory svému společenskému i ekonomickému významu zůstávají důsledky této zásadní změny v přírodních populacích stále málo známé.
Autoři studie analyzovali sekvence DNA z celých genomů u více než 600 divokých rostlin řeřišničníku písečného (Arabidopsis arenosa). Pomocí nových sekvenačních technologií a počítačových simulací zjistili, že duplikace genomu má zásadní vliv na genomovou diverzitu. Ukázali, že duplikace genomu zvyšuje variabilitu nejen prostřednictvím bodových mutací (např. změnami jednoho písmene v sekvenci DNA), ale také prostřednictvím rozsáhlých změn, jako jsou vkládání či ztráty velkých úseků DNA, či přeskupování částí chromozomů.
„Zásadním zjištěním je, že duplikace celého genomu nejen zdvojnásobuje množství DNA v buňce, ale také maskuje škodlivé účinky mnoha mutací, což jim umožňuje přetrvávat a hromadit se, skryté v genomu,“ popisují autoři studie. Hromadění této skryté „genetické zátěže“ je dynamický proces, který se odehrává v průběhu času a silně závisí na tom, před jak dlouhou dobou k duplikaci genomu došlo. Tato skrytá zátěž může následně ovlivňovat (většinou omezovat, ale někdy i zvyšovat) potenciál rostliny k adaptaci. Například u ohrožených druhů nebo plodin to může být v kontextu aktuálně se měnícího klimatu zásadní faktor.
Genetická variabilita pohání evoluci, a proto odhalení toho, jak celogenomová duplikace tuto variabilitu formuje, poskytuje zásadní poznatky o mechanismech adaptace. A protože polyploidie je obzvláště častá u rostlin, včetně mnoha našich nejdůležitějších plodin, mají tyto poznatky důležité důsledky pro šlechtění plodin a odolnost v měnícím se světě. Tato práce pomáhá objasnit, jak duplikace genomu mění evoluční potenciál druhů, s potenciálním významem daleko přesahujícím modelový druh Arabidopsis arenosa.
Odkaz na studii: https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2501739122
