(c) Graphicstock

Sdílení dat z hmotnostních spektrometrů

Český chemik se zapojil do projektu na propojování vědeckých dat z laboratoří.

Po boku zahraničních týmů vedených skupinou z Kalifornské univerzity v San Diegu se Zdeněk Kameník z Mikrobiologického ústavu Akademie věd podílel na vytvoření inovativního nástroje pro analýzu hmotnostně-spektrometrických dat. Informaci o on-line nástroji ReDU, který propojí laboratoře a výzkumné skupiny ve světovém měřítku, uveřejnil v polovině srpna časopis Nature Methods.
Hmotnostní spektrometry jsou špičkové přístroje sloužící k chemické analýze na základě hmoty látky. Poskytují ohromné množství dat, z nichž laboratoř dokáže využít jen určitou část. „Kolegové z Kalifornie přišli již před nějakou dobou s unikátní platformou k efektivní analýze těchto složitých dat a jejich on-line úložištěm. Nově vyvinutý nástroj pojmenovaný ReDU umožňuje zobrazit jakýkoli výsledek analýzy v kontextu nejen mých dat, ale také dat z laboratoří celého světa,“ vysvětluje Zdeněk Kameník, mladý vědec, který vloni pro svůj výzkum v oblasti mikrobiální metabolomiky získal podporu Akademie věd v podobě prémie Lumina quaeruntur.
Vědecká skupina Zdeňka Kameníka se zaměřuje právě na hmotnostně-spektrometrickou metabolomiku, celosvětově rychle rostoucí obor, který dokáže nabídnout odpovědi na dosud nezodpovězené otázky biologie nebo medicíny.

Kamínek v on-line mozaice
Díky rozmachu a zlevnění sekvenačních technik mají dnes vědci k dispozici velké množství užitečných dat o genomech spousty organismů. Genom je ale jako velká kuchařka receptů vypovídající o tom, co vše organismus „umí uvařit“, ale ne o tom, co opravdu „uvařil“. To se lze mnohem spolehlivěji dozvědět díky metabolomice, která tak genomiku a další vědecké přístupy doplňuje.
Metabolomická data z hmotnostních spektrometrů jsou ale mnohem složitější a jejich smysluplné sdílení mezi laboratořemi bylo doposud velmi komplikované. Nástroj ReDU, na němž se Zdeněk Kameník podílel, je jedním z důležitých kamínků vznikající mozaiky, aby tato data nezůstávala za dveřmi jednotlivých laboratoří.
„Pokud ve vzorku detekuji chemickou látku, nějaký metabolit, o kterém se domnívám, že má souvislost se studovanou chorobou, mohu se podívat, zda se tentýž metabolit vyskytuje v datech z jiných laboratoří, v jakých vzorcích a souvislostech. Informace, kterou díky tomuto nástroji získám, může dostat úplně nový rozměr,“ přibližuje Zdeněk Kameník, jak konkrétně může ReDU vědcům pomoci.

Hmotnostní spektrometr je přístroj k chemické analýze; princip: složitý biologický vzorek (kultivační médium, plazma, stolice, vzorek půdy, stěr z kůže) se přečistí a poté rozdělí na jednotlivé látky pomocí kapalinové chromatografie. Chemické látky jsou následně převedeny působením vysokého napětí a teploty na ionty v plynné fázi. Ionty jsou díky svému náboji unášeny do samotného hmotnostního spektrometru, ve kterém prolétají dlouhou trubicí (v případě TOF hmotnostního spektrometru). To, jak dlouho trubicí poletí, závisí na náboji a hmotě iontu – a to je základní informace, kterou lze hmotnostně-spektrometrickou analýzou získat. Informací v datech je ale ukryto daleko víc: kromě hmoty látky se můžeme dostat k jejímu sumárnímu vzorci nebo dokonce k samotné struktuře látky. Velmi užitečné je dát data do kontextu s dalšími informacemi o vzorku a porovnat je s daty z jiných laboratoří.

Nature Methods: https://www.nature.com/articles/s41592-020-0916-7

tisková zpráva Mikrobiologického ústavu Akademie věd ČR

Překladač z Matfyzu dohání v kvalitě běžné překladatele

Automatický překladač sice nepatrně pokulhával za lidskými překladateli v hodnocení plynulosti, byl ale v průměru …

Napsat komentář

Vaše emailová adresa nebude zveřejněna. Vyžadované informace jsou označeny *

Používáme soubory cookies pro přizpůsobení obsahu webu a sledování návštěvnosti. Data o používání webu sdílíme s našimi partnery pro cílení reklamy a analýzu návštěvnosti. Více informací

The cookie settings on this website are set to "allow cookies" to give you the best browsing experience possible. If you continue to use this website without changing your cookie settings or you click "Accept" below then you are consenting to this.

Close