Sciencemag.cz
Doporučujeme
Nástroj, který dokáže předvídat chyby vznikající při metodě editování genů CRISPR, vyvinuli vědci na University of Texas v Austinu.
Výsledky publikované v časopisu Cell se pokládají za významné, protože se tím umožní využít CRISPR pro bezpečnou úpravu individuálních genomů.
Nástroj CRISPR, který vystříhává určité určené varianty genu a v konečném důsledku je nahrazuje jejich „nezávadnými“ kopiemi (respektive o toto se už starají opravné mechanismy buňky), nefunguje bezchybně. Původně se jedná o obrannou metodu bakterií, které tímto způsobem rozpoznávají a ničí DNA parazitujících virů. Protože ale viry rychle mutují, je pro bakterie výhodné, aby rozpoznávaly jako závadné i sekvence podobné. Metodou CRISPR můžeme proto zeditovat víc, než jsme původně chtěli. Autoři výzkumu to přímo přirovnávají k tomu, když si zapneme automatickou korekturu pravopisu; výsledky nás také občas nepříjemně překvapí. V případě editování jiných než původně zamýšlených (podobných) genů to může mít krajně nežádoucí důsledky, např. až vyvolat přeměnu normálních buněk na rakovinné.
Hlavní autor nové práce Ilya Finkelstein uvádí, že jeho tým našel způsob, jak předvídat, do jakých dalších genů metoda CRISPR může zasáhnout. Vše funguje tak, že se předem spustí simulace proti konkrétnímu genomu (předpokládá se genom člověka, tj. jde o metodu medicínskou). Postup by měl být nadstavbou nad stávajícími technikami – jde prostě o čip, na němž se zaznamenají příslušné reakce, vše sleduje mikroskop (tj. nejspíš se využívá nějakého barevného značení) a automaticky vyhodnotí software. Maximum z nových nástrojů je dle autorů výzkumu uvolněno jako open source.
Při výzkumu se objevila i řada obecnějších zákonitostí, kdy např. jedna z testovaných molekul zvaná Cascade cca ignorovala každé třetí písmenko genetické informace. Z toho pak lze odvodit, které geny v konkrétním genomu by byly ohroženy nezamýšlenou úpravou.
Zdroj: Phys.org
