Sciencemag.cz
Doporučujeme
Jednou z nejběžnějších forem sekundární struktury proteinu je tzv. beta-list (skládaný list). Primární struktura znamená vlastní sekvenci aminokyselin sekundární pak to, jak jsou vlákna dále uspořádána. V beta listu tvoří vlákna dvojrozměrnou strukturu, kterou mezi vlákny udržují vodíkové vazby. Jinou známou strukturou je šroubovice (alfa-helix).
Vědci z Kalifornské univerzity v Santa Cruz vytvořili ale nyní něco zvláštního – sestavili k sobě vlákna zrcadlových obrazů („levo/pravotočiných“, L/D). Nemůžeme sice mluvit přímo o proteinu, protože obě vlákna obsahují jen tři aminokyseliny (trifenylalanin složený ze 3 molekul fenylalaninu).
Zajímavé je, že Linus Pauling a Robert Corey popsali tuto formu beta-listu (ripplet sheet) již v roce 1953 spolu s běžnou formou skládaného listu, pak ale strukturu dále nikdo nezkoumal a její existence byla vlastně jen teoretická. Nová studie ale uspořádání (viz obrázek) potvrdila i pomocí snímků z rentgenové krystalografie. Ukázalo se, struktura přesně odpovídá předpovědím Paulinga a Coreyho. Zajímavé má být i to, že se sestavila sama, stačilo smíchat L a D formu peptidu v poměru 1 : 1. V přírodě se nic podobného nevyskytuje, i když samotné D aminokyseliny ano (buněčné stěny bakterií, antibiotika, hadí jedy…).
Nový objev umožňuje rozšířit způsoby, jimiž skládáme peptidové a polypeptidové struktury. Kdoví, k čemu všemu dokážou syntetičtí biologové toto využít (poznámka PH: tedy pokud se podaří skládat takto k sobě i další a delší/různorodější zrcadlově obrácené peptidy).
Ariel J. Kuhn et al, A crystal-structural study of Pauling–Corey rippled sheets, Chemical Science (2021). DOI: 10.1039/d1sc05731f
Zdroj: University of California – Santa Cruz / Phys.org a další
Poznámky PH:
Chápu doufám dobře, že nejde jen o složení z různých optických izomerů, ale že onen „překřížený“ složený list je něco jiného než normální antiparalelní uspořádání beta-listu?
Ono „pravotočivé“ a „levotočivé“ v titulku je konvence/synonymum pro D a L formu, neodpovídá to skutečnému stáčení světla, to pro každou opticky aktivní aminokyselinu platí jinak.
