Celková délka molekul DNA v jádrech rostlinných buněk, tzv. genom, se mezi druhy liší více než 2000x. Velikost genomu přitom není úměrná počtu genů, který je u všech vyšších rostlin řádově stejný, ani velikosti a složitosti rostliny. Mechanizmus vzniku gigantických genomů rostlin objasňuje studie mezinárodního týmu vědců, která právě vyšla …
více »Rozsvěcující se nukleosid pro přímou vizualizaci syntézy DNA
V molekulární a buněčné biologii, stejně jako v medicínské diagnostice, se často využívá fluorescenčního značení biomolekul. Jednou z molekul, které je možno takto značit, je i DNA. Skupina vědců pod vedením Michala Hocka z Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR vyvinula novou fluorescenční sondu právě pro DNA v podobě …
více »Sekvence DNA neřídí jen evoluce, ale i entropie
Chargaffovo pravidlo tvrdí, že na 1 vláknu DNA je počet adeninů téměř stejný jako thyminů a počet cytosinů téměř stejný jako guaninů (nesouvisí s komplementaritou, jde o jeden řetězec). Obecněji to už neplatí, purinových a pyrimidinových bází může být a běžně také je různý počet (na jednom vláknu DNA, a …
více »Strojové učení pro vyhledávání v genomu
Genomické oblasti, které kódují malé molekuly RNA, vykazují charakteristické vzorce v jejich sekvenci, sekundární struktuře a evoluční konzervaci. Tým bioinformatiků z vědecko-výzkumného centra CEITEC Masarykovy univerzity, vedený Panagiotisem Alexiou, nedávno vytvořil nový analytický nástroj pro biomedicínský výzkum s názvem MuStARD. Nástroj využívá moderních metod strojového učení, a to konkrétně populární …
více »Buňky si značkují opravená místa DNA
Chromatinové jizvy jsou pro buňky patogenní a mohou následně způsobovat jejich smrt. Tým vědců z Ústavu molekulární genetiky AV ČR pod vedením Hany Hanzlíkové objevil způsob, jak v buňkách označit a sledovat místa, kde byla poškozena a následně opravena molekula DNA, tzn. zaznamenat paměť buněčných oprav. Výsledky publikované tento týden v prestižním časopise …
více »Proč mají proteiny často délku v násobcích 123 aminokyselin?
RNA svět je pouze hypotéza, nicméně kromě samotného zjištění, že RNA dokáže hrát roli informačního média i enzymu, o něm mohou svědčit i další relikty dodnes přetrvávající v v architektuře a biochemii současného života. Představme si, že posloupnost událostí na počátku života mohla být následující: – RNA svět – RNA …
více »DNA inspirovala nanoskládačky z magnetů
Nadějným přístupem k nanotechnologiím bylo už řadu let vytváření přesně definovaných struktur pomocí DNA. Ta se kvůli párování komplementárních bází může skládat nejen do dvojšroubovice, ale i do podoby nejrůznějších mnohoúhelníků, kostek a podobných tvarů. Navíc dokáže tímto způsobem k sobě přitáhnout i další navázané atomy/molekuly. Výsledkem jsou pak i …
více »Bakterie dokážou ve svých buňkách zabránit katastrofickým srážkám v DNA
Enzym RNáza J1 dokáže rozpoznat, dostihnout a efektivně uvolnit zastavenou RNA polymerázu z DNA. Vědci z Mikrobiologického ústavu AV ČR objevili nový mechanismus, jak dokáže buňka odstraňovat nefunkční komplexy, které vzniknou při přepisu genetické informace. Tým vedený Liborem Krásným z Laboratoře mikrobiální genetiky a genové exprese se tomto výzkumu věnoval osm let. …
více »Informace o evoluci dobře zachovávají proteiny z fosilní zubní skloviny
Genetikům se podařilo extrahovat komplexní biologické markery z 1,77 milionu let starého zubu nosorožce. Dosavadní rekord pro samotná genetická data je mnohem nižší, 700 tisíc let. U předků člověka pokrývají genetická data pouze posledních 400 tisíc let a mimo nálezy z permafrostu se nikdy nepodařilo přečíst genetickou informaci starší než …
více »Redoxní značení DNA
Požadavky na oxidovatelné značky splňuje ferrocen (molekulárním „hamburger“ z kationtu železa a organických aniontů) a jeho deriváty. Týmu vědců ze skupin prof. Michala Hocka z ÚOCHB, doc. Miroslava Fojty z Biofyzikálního ústavu AV ČR v Brně a Prof. Ciary O’Sullivan ze španělské Universitat Rovira i Vigili se podařilo připravit redoxní …
více »