Skutečně náhodná čísla se obvykle generují pomocí fyzikálních metod, co to zkusit chemicky? I takové návrhy už tu byly, ale nyní došlo i k praktickému předvedení. Pořadí písmenek v genomu živých organismů náhodné určitě není, a to ať už se díváme na kódující nebo nekódující části. Výzkumníci ze švýcarského technologického …
více »Umělé báze umožňují rozšíření paměti nukleových kyselin
Co se týče samotné objemové hustoty dat, DNA umožňuje uložit řádově milionkrát více bitů než současné pevné disky (u disku asi 1,25 terabajtu na krychlový cm, v případě DNA 1,25 exabajtu – což je zhruba objem dat, který nyní mají Google, Amazon, Microsoft a Facebook). Saptarshi Biswas z Meghnad Saha …
více »Gigantické genomy rostlin: temná hmota v DNA
Celková délka molekul DNA v jádrech rostlinných buněk, tzv. genom, se mezi druhy liší více než 2000x. Velikost genomu přitom není úměrná počtu genů, který je u všech vyšších rostlin řádově stejný, ani velikosti a složitosti rostliny. Mechanizmus vzniku gigantických genomů rostlin objasňuje studie mezinárodního týmu vědců, která právě vyšla …
více »Rozsvěcující se nukleosid pro přímou vizualizaci syntézy DNA
V molekulární a buněčné biologii, stejně jako v medicínské diagnostice, se často využívá fluorescenčního značení biomolekul. Jednou z molekul, které je možno takto značit, je i DNA. Skupina vědců pod vedením Michala Hocka z Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR vyvinula novou fluorescenční sondu právě pro DNA v podobě …
více »Sekvence DNA neřídí jen evoluce, ale i entropie
Chargaffovo pravidlo tvrdí, že na 1 vláknu DNA je počet adeninů téměř stejný jako thyminů a počet cytosinů téměř stejný jako guaninů (nesouvisí s komplementaritou, jde o jeden řetězec). Obecněji to už neplatí, purinových a pyrimidinových bází může být a běžně také je různý počet (na jednom vláknu DNA, a …
více »Strojové učení pro vyhledávání v genomu
Genomické oblasti, které kódují malé molekuly RNA, vykazují charakteristické vzorce v jejich sekvenci, sekundární struktuře a evoluční konzervaci. Tým bioinformatiků z vědecko-výzkumného centra CEITEC Masarykovy univerzity, vedený Panagiotisem Alexiou, nedávno vytvořil nový analytický nástroj pro biomedicínský výzkum s názvem MuStARD. Nástroj využívá moderních metod strojového učení, a to konkrétně populární …
více »Buňky si značkují opravená místa DNA
Chromatinové jizvy jsou pro buňky patogenní a mohou následně způsobovat jejich smrt. Tým vědců z Ústavu molekulární genetiky AV ČR pod vedením Hany Hanzlíkové objevil způsob, jak v buňkách označit a sledovat místa, kde byla poškozena a následně opravena molekula DNA, tzn. zaznamenat paměť buněčných oprav. Výsledky publikované tento týden v prestižním časopise …
více »Proč mají proteiny často délku v násobcích 123 aminokyselin?
RNA svět je pouze hypotéza, nicméně kromě samotného zjištění, že RNA dokáže hrát roli informačního média i enzymu, o něm mohou svědčit i další relikty dodnes přetrvávající v v architektuře a biochemii současného života. Představme si, že posloupnost událostí na počátku života mohla být následující: – RNA svět – RNA …
více »DNA inspirovala nanoskládačky z magnetů
Nadějným přístupem k nanotechnologiím bylo už řadu let vytváření přesně definovaných struktur pomocí DNA. Ta se kvůli párování komplementárních bází může skládat nejen do dvojšroubovice, ale i do podoby nejrůznějších mnohoúhelníků, kostek a podobných tvarů. Navíc dokáže tímto způsobem k sobě přitáhnout i další navázané atomy/molekuly. Výsledkem jsou pak i …
více »Bakterie dokážou ve svých buňkách zabránit katastrofickým srážkám v DNA
Enzym RNáza J1 dokáže rozpoznat, dostihnout a efektivně uvolnit zastavenou RNA polymerázu z DNA. Vědci z Mikrobiologického ústavu AV ČR objevili nový mechanismus, jak dokáže buňka odstraňovat nefunkční komplexy, které vzniknou při přepisu genetické informace. Tým vedený Liborem Krásným z Laboratoře mikrobiální genetiky a genové exprese se tomto výzkumu věnoval osm let. …
více »