Genomické oblasti, které kódují malé molekuly RNA, vykazují charakteristické vzorce v jejich sekvenci, sekundární struktuře a evoluční konzervaci. Tým bioinformatiků z vědecko-výzkumného centra CEITEC Masarykovy univerzity, vedený Panagiotisem Alexiou, nedávno vytvořil nový analytický nástroj pro biomedicínský výzkum s názvem MuStARD. Nástroj využívá moderních metod strojového učení, a to konkrétně populární …
více »
NGS umožňuje analyzovat celý lidský genom v jediném sekvenčním experimentu nebo analyzovat epigenetické faktory. Bioinformatici z brněnského vědecko-výzkumného centra CEITEC Masarykovy univerzity uspěli ve čtvrté veřejné soutěži na podporu aplikovaného výzkumu TAČR ZÉTA. Multidisciplinární tým vědců vedený řešitelem projektu bioinformatikem Vojtěchem Bystrým vyvíjí počítačovou aplikaci na integraci genomických a transcriptomických …
více »
K výsledku 38 let dojdeme na základě analýzy toho, jak se lidská DNA methyluje. Mimochodem, neandrtálci a denisované jsou na tom podobně, alespoň při použití příslušné metody. U savců má přibližně platit, že stupeň methylace DNA odpovídá maximální délce života jedinců daného druhu. Stárnutí totiž odpovídá mj. epigenetickým změnám, tj. …
více »
Mikrosvět sladkovodních jezer a nádrží stále patří mezi velmi málo probádané oblasti. Minimum informací dosud máme i o těch nejpočetnějších zástupcích sladkých vod – o virech. Studium sladkovodních virů je totiž obtížné zejména proto, že ani neznáme všechny jejich hostitele. Posun ve výzkumu v posledních letech přinesla až nová genetická …
více »
Časopis Nature Communications zveřejnil nedávno článek, jehož hlavními autory a řadou spoluautorů je řada českých vědců z Přírodovědecké fakulty Univerzity Karlovy a Akademie věd ČR. Studie je metaanalýzou globální distribuce hub a ukazuje, že jejich distribuce je zásadně ovlivňována klimatickými faktory. Nástup metod masivního paralelního sekvenování (high-throughput sequencing) před více …
více »
V jednom běhu přečte nový přístroj 6 tisíc miliard bází DNA, v centru pozornosti výzkumníků bude genom ječmene. V tuzemsku ojedinělou laboratoř pro sekvenování DNA vybudovalo Centrum regionu Haná pro biotechnologický a zemědělský výzkum (CRH), které sdružuje výzkumné týmy Univerzity Palackého a olomouckých pracovišť Ústavu experimentální botaniky Akademie věd ČR, …
více »
Starodávná DNA je genetická informace, kterou vědci získali z cenných archeologických nálezů a jejíž stáří se pohybuje mezi 2 – 30 000 lety. Takové vzorky nyní katalogizuje nová specializovaná databáze, která je volně přístupná na adrese http://amtdb.org. Připravili ji vědci z Ústavu molekulární genetiky Akademie věd a obsahuje také interaktivní mapu …
více »
Co znamená, když se řekne, že „Člověk a šimpanz sdílí 98 % svých genů“? Kdybychom chtěli zjistit, jak blízce příbuzná si je jakákoli dvojice druhů, třeba jak jsou si příbuzní ježek a opice, ideálním způsobem, jak to provést, by bylo podívat se na kompletní molekulární „text“ každého genu každého z …
více »
Moderní vědecké metody umožňují “přečíst” najednou téměř kompletní dědičnou informaci organizmu. Téměř. Oříšek představují tzv. repetitivní sekvence – části, které obsahují velké množství stejných, stále se za sebou opakujících úseků. Dosud používané metody totiž neumožňovaly určit přesný počet, ani délku těchto opakování. Tento problém vyřešil až počítačový program TAREAN, vyvinutý …
více »
Americký biochemik, genetik a podnikatel Craig Venter, který oslaví 14. října sedmdesátiny, je znám jako jeden z prvních lidí, kteří dokázali osekvenovat lidský genom a také jako první biolog, který vytvořil buňku se syntetickým genomem. Magazín Time ho v letech 2007 a 2008 uvedl mezi 100 nejvlivnějšími lidmi světa. Byl …
více »
Sciencemag.cz
